纪委立案后撤案的处理流程如下：
案件调查结束后，调查组应集体讨论并写出《调查报告》，提出处理意见。
如果需要追究党纪、政纪责任或涉嫌犯罪需要移送司法机关，调查组需填写《案件移送审理登记表》，报主管领导和分管领导批准，办理移送审理手续，并提出对被移送司法机关人员的免职建议。
若经调查认为属于失实的案件，调查组应写出《销案呈批报告》，由案件承办室主任审核，报主管领导、分管领导、书记签批后，提交县纪委常委会议研究决定。
决定销案的，由案件承办室制作《销案决定书》，向被调查人及其所在单位党组织宣布销案决定，说明有关情况，并将《销案决定书》送纪检监察室备案。
调查部门在调查阶段可提出撤销案件的建议，需履行以下程序：
提出撤销意见，并填写《立（撤）案文书审批表》，附《撤销案件决定书》。
严格按照批准立案的审批权限进行报批，重大复杂案件需经监察机关主要负责人同意。
撤销案件经立案机关批准后，纪检机关需向被审查人及其所在单位组织说明情况。
监察机关决定撤销案件的，需制定撤销案件决定书，告知被审查人及其所在单位。
省级以下监察机关撤销案件后，应在七个工作日以内向上一级监察机关报送备案报告。
民事案件：可向法院提交书面“撤诉”申请书，由法院审查后下达民事裁定书，允许撤诉。
治安案件：如轻微伤或以下且已赔偿损失、得到原谅，可向办案机关递交申请书，由办案机关批准。
刑事案件：一般不允许撤销案件，需提起公诉，但也可写申请作为定罪量刑依据。
建议在实际工作中，严格遵循相关程序和规定，确保撤案过程的合法性和规范性。
