不同的工厂类型可能最怕不同的部门检查，但通常有以下几个部门是工厂普遍害怕的：
负责产品质量的监督和管理，确保产品符合国家标准和法规要求。质监局的检查可能导致产品召回、罚款甚至企业倒闭，因此工厂非常害怕此类检查。
负责安全生产的监督管理，检查工厂的生产设施和安全措施。应急管理局的检查可能导致生产停工、罚款甚至刑事责任，因此工厂也非常害怕此类检查。
负责环境保护的监督管理，检查工厂的环保设施和处理设施。环保局的检查可能导致巨额罚款、生产停工甚至企业倒闭，因此工厂非常害怕此类检查。
负责监督企业遵守劳动法律法规，检查劳动合同、工资支付等情况。劳动监察大队的检查可能导致罚款、赔偿甚至刑事责任，因此工厂也比较害怕此类检查。
负责税收的征收和管理，检查企业的纳税情况。税务局的检查可能导致补税、罚款甚至刑事责任，因此工厂也比较害怕此类检查。
负责市场监督管理和行政执法，检查企业的注册、商标、广告等方面。工商局的检查可能导致罚款、吊销营业执照甚至刑事责任，因此工厂也比较害怕此类检查。
负责消防安全的管理，检查企业的消防设施和安全措施。消防部门的检查可能导致罚款、生产停工甚至刑事责任，因此工厂也比较害怕此类检查。
综上所述，工厂最怕的部门检查主要包括质量技术监督局、应急管理局、环保局、劳动监察大队、税务局、工商局和消防部门。每个工厂应根据自身行业特点和实际情况，重点做好相关法规和标准的遵守工作，以减少被检查带来的风险和损失。
